Kimihiro Watanuki é um garoto aparentemente normal, exceto por um pequeeeno problema: ele consegue ver e sentir entidades sobrenaturais chamadas de Ayakashi! Enquanto ele é esmagado por uma, por exemplo, as pessoas só conseguem vê-lo se arrastando pelo chão, como se fosse um louco.
Até que, um dia, ele encosta num muro de uma casa bem estranha, no meio da cidade, e a Ayakashi que estava atacando-o desaparece. Então, seu corpo começa a se mexer sozinho e entra na casa estranha! Lá, ele é recepcionado e acompanhado por duas garotinhas chamadas Maru e Moro. Elas lhe conduzem aonde está a dona da casa: a bruxa Yuuko!
Em sua conversa, Yuuko diz que aquela era uma loja de desejos e que seu encontro com Watanuki era algo que deveria acontecer. Watanuki, então, acaba desejando (embora tenha sido forçado) perder esses "poderes". Seu preço foi trabalhar daquele momento em diante na loja, até que o preço pelo seu desejo fosse pago.
Que confusões aguardam Watanuki? Quem é Yuuko? O que é Hitsuzen? Isso vocês vão ter que ver para crer!